Luftvägspatogener - bakterier och virus

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
Indikationer / kompletterande analyser:

Luftvägspanel

Vid misstanke om övre eller nedre luftvägsinfektion, även långvarig nedre luftvägsinfektion och atypisk pneumoni.

Luftvägspanel övre

Luftvägspanel för övre luftvägarna tas vid misstanke om övre luftvägsinfektion. Nasofarynxprov rekommenderas.

Beställ: Luftvägpanel, övre -Nf, -Nf asp, -Sv, -Övr

Analys: Adenovirus, Bocavirus, Coronavirus 229E, Coronavirus HKU1, Coronavirus NL63, Coronavirus OC32, Coronavirus SARS-CoV-2, Influensa A-virus, Influensa A-virus (H1N1)pdm09, Influensa A-virus (H1), Influensa A-virus (H3), Influensa B-virus, Metapneumovirus, Parainfluensavirus 1, Parainfluensavirus 2, Parainfluensavirus 3, Parainfluensavirus 4, RS-virus, Rhino-/Enterovirus , Bordetella pertussis, Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma penumoniae

Vid beställning Övrigt, specificera provmaterial i fältet Lokalisation.

Luftvägspanel nedre

Luftvägspanel för nedre luftvägarna tas vid misstanke om nedre luftvägsinfektion. Sputum, trakealsekret eller BAL rekommenderas.

Beställ: Luftvägspanel, nedre: -BAL, -Sput, -Trak, -Övr

Analys: Samma ingående analyser som för Luftvägspanel övre med tillägg av Legionella pneumophila, Legionella species och C. psittaci

Vid beställning Övrigt, specificera provmaterial i fältet Lokalisation.

Misstanke om aktuell Legionella-infektion
Prov från nedre luftvägar och urinprov, bör tas samtidigt. Se även indikationer tillägg

Beställ: Luftvägspanel, nedre: -BAL, -Sput, -Trak, -Övr

Beställ: Legion/Pneumok-Ag -U

Analys: Legionella pneumophila serogr 1- och Pneumokocker antigen utförs alltid tillsammans. Se även Legionella- och pneumokockantigen i urin.

Vid påvisning av Legionella-DNA utförs alltid Legionellaodling.

Misstanke om kikhosta (pertussis)
Se även Indikationer tillägg.

Beställ: Luftvägpanel, övre -Nf,

Beställ Pertussis-Ak -S
Analys: Pertussis FHA IgA och IgG samt Pertussis toxin IgA och IgG utförs alltid tillsammans.

Bedömning av pertussisimmunitet
Beställ: Pertussisimmunitet -s

Corona SARS-CoV-2-, influensa- och RS-virus-RNA

Vid misstanke om aktuell infektion, akut beställning
Beställ: Corona SARS-CoV-2/Influensa/RSV, Akut -BAL, -Nf, -Nf asp, -Trak.

Övriga beställningar
Beställ: Corona SARS-CoV-2/Influensa/RSV -Övr. Ange provmaterial i fältet Lokalisation.

Coronavirus SARS-CoV-2-RNA

Vid misstanke om aktuell infektion med covid-19.
Beställ: Coronavirus SARS-CoV-2-RNA -BAL, -Nf, -Nf asp, -S, -Sput, -Trak, -Övr.

Vid beställning Övrigt, specificera provmaterial i fältet Lokalisation.

Serumprov tas i särskilda fall på känd covid-19 patient.

För genomgången infektion eller efter vaccination
se Coronavirus SARS-CoV-2 antikroppar

Enterovirus-D68
Se Enterovirus

Tilläggsinformation

Chlamydophila psittaci (psittakos, ornitos)
C. psittaci är en ovanlig orsak till pneumoni som särskilt ses hos individer som har nära fågelkontakt. C. psittaci kan även ge influensaliknande sjukdomsbild och inkubationstiden är oftast 5-14 dagar, men kan vara upp mot en månad. Bakterien smittar väldigt sällan mellan människor, utan uppträder nästan alltid som en zoonos, där människor smittas av fåglar.

Legionella
Legionellainfektion är en ovanlig, men allvarlig orsak till pneumoni. Legionellabakterier växer inte fram vid vanlig bakterieodling, varför specialdiagnostik krävs. DNA-påvisning av Legionella på nedre luftvägsprov kan användas för att diagnosticera samtliga Legionellaarter. Positiva DNA-prov odlas för vidare art- och serotypning.

Urinantigentest kan endast användas för att diagnosticera Legionella pneumophila serogrupp 1, den vanligaste orsaken till svår Legionella-pneumoni. Urinantigentestet kan inte användas för att utesluta Legionellainfektion, eftersom testen inte täcker övriga serogrupper av Legionella pneumophila och inte heller övriga Legionellaarter. Negativt testresultat utesluter inte heller Legionellainfektion med Legionella pneumophila serogrupp 1.

Pertussis
Vid misstanke om aktuell pertussis rekommenderas prov för påvisande av pertussis-DNA i nasofarynx och/eller serum för antikroppspåvisning, beroende på hur länge patienten har haft symtom. Störst chans att påvisa DNA är tidigt i förloppet.
Antikroppsbestämningen blir positiv efter ca 3-4 veckor, uppföljande prov kan behövas om provet är taget tidigare i förloppet. Ange insjukningsdatum och eventuellt tidigare vaccination på beställningen.

Hos individer med IgA-brist kan analysresultatet för Pertussistoxin-IgA och FHA-IgA bli falskt negativa. I Sverige förekommer denna brist hos ca 1/600 individer.
Vid tolkning av serologin bedöms både IgG- och IgA-antikroppar och de flesta infekterade individer svarar med stegring i båda dessa antikroppsklasser. Personer över 50 år kan vid pertussisinfektion ibland svara med endast ett positivt FHA-IgA vilket innebär att hos patienter med IgA-brist kan pertussis inte påvisas med serologi. Om prov är taget i tidigt skede och klinisk misstanke kvarstår rekommenderas nytt uppföljande prov för ny bedömning. Ingen screening för IgA-brist utförs.
Remiss:

Elektroniskt i TakeCare och Labportalen

Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi
Provtagning:

Luftvägspanel, övre
Använd TRANSWAB blå
- Nasofarynxsekret, Provtagning nasofarynx

Använd Trakealsugset och sugkateter
- Nasofarynxaspirat, Provtagning nasofarynx

Använd TRANSWAB lila
- Svalgsekret, bakre svalgvägg, Provtagning svalg

Luftvägspanel, nedre
Använd Sterilt provrör
- Bronkoalveolärt lavage (BAL), Provmängder BAL
- Trakealsekret, Provtagning trakealsekret

Använd Sputumburk
- Sputum, Provtagning Sputum

Corona SARS-CoV-2-, influensa- och RS-virus, akut och Coronavirus SARS-CoV-2

Använd TRANSWAB blå
- Nasofarynxsekret, Provtagning nasofarynx
Efter provtagningen

Använd Trakealsugset och sugkateter
- Nasofarynxaspirat, Provtagning nasofarynx

Använd Sterilt provrör
- Bronkoalveolärt lavage (BAL), Provmängder BAL
- Trakealsekret, Provtagning trakealsekret

Coronavirus SARS-CoV-2

Använd Sputumburk
- Sputum, Provtagning sputum

Legionella- och Pneumokockantigen i urin

Använd Sterilt provrör
-Urin, Provtagning urin

Pertussis-Ak, Pertussisimmunitet

Använd Serumrör med gel och koagulationsaktivator, gul propp
-Blod (serum)

Övrigt - Ange typ av prov på Lokalisation, se anvisning för respektive provmaterial.
Förvaring / transport:

Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium.

TRANSWAB, Sterilt provrör, Sputumburk

  • Förvaras kylt.

 

Serumrör

Ocentrifugerat prov:
- Rumstemp: Max 1 dygn
- Kylt: max 3 dygn
- Provet kan transporteras i rumstemperatur

Centrifugerat prov:
- Kylt: max 1 vecka
- Provet kan transporteras i rumstemperatur


Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner.
Svarsrutiner:

Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet.

  • Luftvägspanel övre: Svar lämnas inom 6 timmar
  • Luftvägspanel nedre: Svar lämnas inom 6 timmar för alla ingående analyser förutom Legionella species och Chlamydophila psittaci där svar lämnas inom 1-3 vardagar.
  • Coronavirus SARS-CoV-2-, influensa och RS-virus: Svar lämnas dygnet runt, vanligen inom 4 timmar.
  • Coronavirus SARS-CoV-2: Svar lämnas inom 1-3 vardagar.
  • Beställning övrigt, där provmaterial inte anges: Svar lämnas inom 1-3 vardagar.


Legionellaodling utförs endast om Legionella-DNA påvistas: Svar lämnas inom 7-10 dagar efter positiv DNA-påvisning.

Pertussis-Ak, Pertussisimmunitet: Svar lämnas inom 1-2 veckor.

Vid beställning med pappersremiss kan svar tidigast lämnas efter 1-3 vardagar.
Ackreditering:

För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster​​​​.​​​