Metagenomisk sekvensering, mikrobiologi

Klinisk mikrobiologi

Alternativt sökord: Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering
Indikationer / kompletterande analyser:

Analysen utförs endast efter konsultation av jourhavande virolog.
Kontakta oss via Kundservice 08-123 719 99
Kontakt med Klinisk mikrobiologi

Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet. Analysen söker efter sekvenser som kommer från patogener, framför allt virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering.

Läs mer om Metagenomisk sekvensering under Tilläggsinformation

Allvarlig infektion med okänd genes

Beställ: Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering -BAL, -Csv, -Nf asp, -Nf, -P, -S, -Trak, -Vävnad, -Övr

Sekvensering för Bakterie- och svamp-DNA

För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering Se Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Tilläggsinformation

Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet och söker efter sekvenser som kommer från patogener.

Metoden kan potentiellt hitta alla typer av mikroorganismer, men är framför allt avsedd för virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering. Metoden är särskilt lämplig för att identifiera agens som inte ingår i diagnostiska standardpaneler, vilket ses tex hos immunsupprimerade och personer som rest i tropiska områden.

Känsligheten är vanligen något lägre än för riktade PCR-undersökningar, varför metagenomik kompletterar och inte ersätter annan diagnostik.

Rekommenderade provmaterial är luftvägssekret, serum/plasma, cerebrospinalvätska. Även vävnadsbiopsier kan analyseras. Ofta kan det vara aktuellt att beställa metagenomisk sekvensering av prov som redan finns på labboratoriet.
Remiss:

Ange kontakt med jourhavande virolog på Kliniska uppgifter.

- Elektronisk i TakeCare och Labportalen

- Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi.
Beställ under Annan undersökning/övrigt och ange Metagenomisk sekvensering samt provmaterial.
Provtagning:

Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering

Använd Sterilt provrör
- Bronkälveolärt lavage (BAL), 1 mL
- Cerebrospinlavätska (Csv), 1 mL
- Trakelasekret (Trak)
- Vävnad

Använd Trakealsugset och sugkateter
- Nasofarynxaspirat (Nf asp)

Använd TRANSWAB blå
- Nasofarynxsekret (Nf)

Använd EDTA-rör lila kork
- Blod (plasma)

Använd Serumrör, med gel och koagulationsaktivator, gul propp​
- Blod (serum)
Förvaring / transport:

Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium.

Sterilt provrör, Transwab

  • Förvaras kylt

Serumrör

Ocentrifugerat prov:

  • Rumstemp: Max 1 dygn
  • Kylt: max 3 dygn
  • Provet kan transporteras i rumstemperatur

Centrifugerat prov:

  • Kylt: max 1 vecka
  • Provet kan transporteras i rumstemperatur

EDTA-rör

Ocentrifugerat prov:

  • Kylt: max 1 dygn
  • Transporteras om möjligt kylt

Centrifugerat prov:

  • Centrifugera EDTA-röret och häll av plasman till ett avhällningsrör utan tillsats. Ange på röret att det innehåller plasma.
  • Rumstemperatur: max 1 dygn
  • Kylt: max 5 dygn, transportera provet kylt

Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner
Prov som skickas med post
Svarsrutiner:

Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet

- Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering: Svar lämnas normalt inom 10-14 dagar
Ackreditering:

För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster​​​​.​​​