Hoppa till huvudinnehållet

Metagenomisk sekvensering, mikrobiologi

Klinisk mikrobiologi

Alternativt sökord:	Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering
Indikationer / kompletterande analyser:	Analysen utförs endast efter konsultation av jourhavande virolog. Kontakta oss via Kundservice 08-123 719 99 Kontakt med Klinisk mikrobiologi Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet. Analysen söker efter sekvenser som kommer från patogener, framför allt virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering. Läs mer om Metagenomisk sekvensering under Tilläggsinformation Allvarlig infektion med okänd genes Beställ: Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering -BAL, -Csv, -Nf asp, -Nf, -P, -S, -Trak, -Vävnad, -Övr Sekvensering för Bakterie- och svamp-DNA För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering Se Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering Tilläggsinformation Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet och söker efter sekvenser som kommer från patogener. Metoden kan potentiellt hitta alla typer av mikroorganismer, men är framför allt avsedd för virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering. Metoden är särskilt lämplig för att identifiera agens som inte ingår i diagnostiska standardpaneler, vilket ses tex hos immunsupprimerade och personer som rest i tropiska områden. Känsligheten är vanligen något lägre än för riktade PCR-undersökningar, varför metagenomik kompletterar och inte ersätter annan diagnostik. Rekommenderade provmaterial är luftvägssekret, serum/plasma, cerebrospinalvätska. Även vävnadsbiopsier kan analyseras. Ofta kan det vara aktuellt att beställa metagenomisk sekvensering av prov som redan finns på labboratoriet.
Remiss:	Ange kontakt med jourhavande virolog på Kliniska uppgifter. - Elektronisk i TakeCare och Labportalen - Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi. Beställ under Annan undersökning/övrigt och ange Metagenomisk sekvensering samt provmaterial.
Provtagning:	Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering Använd Sterilt provrör - Bronkälveolärt lavage (BAL), 1 mL - Cerebrospinlavätska (Csv), 1 mL - Trakelasekret (Trak) - Vävnad Använd Trakealsugset och sugkateter - Nasofarynxaspirat (Nf asp) Använd TRANSWAB blå - Nasofarynxsekret (Nf) Använd EDTA-rör lila kork - Blod (plasma) Använd Serumrör, med gel och koagulationsaktivator, gul propp - Blod (serum)
Förvaring / transport:	Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium. Sterilt provrör, Transwab Förvaras kylt Serumrör Ocentrifugerat prov: Rumstemp: max 1 dygn Kylt: max 3 dygn Provet kan transporteras i rumstemperatur Centrifugerat prov: Kylt: max 1 vecka Provet kan transporteras i rumstemperatur EDTA-rör Ocentrifugerat prov: Kylt: max 1 dygn Transporteras om möjligt kylt Centrifugerat prov: Centrifugera EDTA-röret och häll av plasman till ett avhällningsrör utan tillsats. Ange på röret att det innehåller plasma. Rumstemperatur: max 1 dygn Kylt: max 5 dygn, transportera provet kylt Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner Prov som skickas med post
Svarsrutiner:	Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet - Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering: Svar lämnas normalt inom 10-14 dagar
Ackreditering:	För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster.