112 SOS Alarm
1177 Vårdinformation

Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
  • 16S DNA sekvensering bakterier
  • Svamp-DNA, sekvensering
  • Tropheryma whipplei
  • Whipples sjukdom
  • Sekvensering, bakterier och svamp
Indikationer / kompletterande analyser:

Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-123 719 99.

Ange alltid på beställningen om det finns klinisk misstanke om mikroorganismer som kan orsaka labsmitta till exempel brucellos, burkholderia mallei/pseudomallei, tularemi, dimorf svamp eller Mycobacterium tuberculosis.

Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei

Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.

Prov kan tas vid negativ odling eller från normalt sterila provlokaler. Riklig förekomst av normalflora stör analysen. Blod analyseras inte.

Undantagsvis kan material från icke sterila provlokaler även analyseras.
Kontakta laboratoriet vid frågor.

Misstanke om invasiv/djup svampinfektion

Beställ: Svamp-DNA, sekvensering (ITS) -BAL,-Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr
Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.
Remiss:

- Elektronisk i TakeCare och Labportalen
- Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi. ​Beställ analysen på Annan undersökning, ange även provmaterial. Märk provet med etiketten E2.

Ange på beställningen
- klinisk misstanke om mikroorganismer som kan orsaka labsmitta till exempel brucellos, burkholderia mallei/pseudomallei, tularemi, dimorf svamp eller Mycobacterium tuberculosis.
Provtagning:

Provmängder varierar beroende på frågeställning/analys.
 Se bild Sterilt provrör med provmängd

Bakterie-DNA, sekvensering (16S)  

Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- Cerebrospinalvätska (Csv) 0,5 mL
- Pleura, 0,5 mL
- Vävnad och biopsi
- Övrigt provmaterial

Svamp-DNA, sekvensering (ITS)

Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- Bronkoalveolärt lavage (BAL), 2-3 mL
- Cerebrospinalvätska (Csv) 2 mL 
- Pleura, 2 mL
- Vävnad och biopsi
- Övrigt provmaterial

Bakterie och svamp-DNA, sekvensering 16S, ITS

Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- Cerebrospinalvätska (Csv) 2 mL 
- Pleura, 2 mL
- Vävnad och biopsi
- Övrigt provmaterial
Förvaring / transport:

Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium.

Sterilt provrör eller burk

- Kortare transporttid än 48 timmar​: Förvara provet kylt​.
- Längre transporttid än 48 timmar:​​ Frys provet vid -20◦C. Förvaras och skickas fryst​​.
- Använd alltid transporthylsa vid misstanke om Mykobakterier

 

Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner. ​
Svarsrutiner:

Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet.

- Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:

För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster​​​​.​​​
Kommentar:

Svamp-DNA, sekvensering (ITS): ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras.