Hoppa till huvudinnehållet

Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:	16S DNA sekvensering bakterier Svamp-DNA, sekvensering Tropheryma whipplei Whipples sjukdom Sekvensering, bakterier och svamp
Indikationer / kompletterande analyser:	Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-123 719 99. Ange alltid på beställningen om det finns klinisk misstanke om mikroorganismer som kan orsaka laboratoriesmitta till exempel Brucella species, Burkholderia mallei/pseudomallei, Francisella tularensis (tularemi), dimorf svamp eller Mycobacterium tuberculosis. Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -Ledv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, specificera typ av provtagningsmaterial och provlokal. Provmaterial från normalt sterila provlokaler kan analyseras. Riklig förekomst av normalflora stör analysen. Undantagsvis kan material från icke sterila provlokaler analyseras, till exempel om odlingar utfallit negativa. Kontakta laboratoriet vid frågor. Misstanke om invasiv/djup svampinfektion Beställ: Svamp-DNA, sekvensering (ITS) -BAL,-Csv, -Ledv -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, specificera typ av provtagningsmaterial och provlokal. Kombinerad beställning Beställ: Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering (16S,ITS) -Csv, -Ledv -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, specificera typ av provtagningsmaterial och provlokal.
Remiss:	- Elektronisk i TakeCare och Labportalen - Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi. Pappersremiss: Beställ analysen på Annan undersökning, ange även provmaterial och lokalisation. Märk provet med etiketten E2. Ange alltid på beställningen - klinisk misstanke om mikroorganismer som kan orsaka laboratoriesmitta till exempel Brucella species, Burkholderia mallei/pseudomallei, Francisella tularensis (tularemi, dimorf svamp eller Mycobacterium tuberculosis.
Provtagning:	Sekvensering 16S, ITS Provmängder varierar beroende på frågeställning/analys. Se bild Sterilt provrör med provmängd Artbestämning av Isolat Artbestämning av Isolat - För artbestämning av isolat skickas suspension av renodlad stam i steril buffert, i sterilt rör. - Använd inte kolad pinne eller buljong. Använd exempelvis PBS eller TE buffert.
Förvaring / transport:	Provets hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium. Sterilt provrör eller burk - Kortare transporttid än 48 timmar: Förvara provet kylt. - Längre transporttid än 48 timmar: Frys provet vid -20◦C. Förvaras och skickas fryst. - Använd alltid transporthylsa vid misstanke om Mykobakterier Skicka provet snarast till laboratoriet med ordinarie transportrutiner.
Svarsrutiner:	Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet. - Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:	För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster.
Kommentar:	Svamp-DNA, sekvensering (ITS): ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras.