112 SOS Alarm
1177 Vårdinformation

Metagenomisk sekvensering, mikrobiologi

Klinisk mikrobiologi

Alternativt sökord: Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering
Indikationer / kompletterande analyser:

Analysen utförs endast efter konsultation av jourhavande virolog.
Kontakta oss via Kundservice 08-123 719 99
Kontakt med Klinisk mikrobiologi

Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet. Analysen söker efter sekvenser som kommer från patogener, framför allt virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering.

Läs mer om Metagenomisk sekvensering under Tilläggsinformation

Allvarlig infektion med okänd genes

Beställ: Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering -BAL, -Csv, -Nf asp, -Nf, -P, -S -Trak, -Vävnad, -Övr

Sekvensering för Bakterie- och svamp-DNA

För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering Se Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Information om Metagenomisk sekvensering

Metagenomisk sekvensering innebär att man icke-selektivt sekvensbestämmer och analyserar allt DNA och RNA i provet och söker efter sekvenser som kommer från patogener.

Metoden kan potentiellt hitta alla typer av mikroorganismer, men är framför allt avsedd för virus. För bakterier och svamp rekommenderas i första hand 16S-ITS-sekvensering. Metoden är särskilt lämplig för att identifiera agens som inte ingår i diagnostiska standardpaneler, vilket ses tex hos immunsupprimerade och personer som rest i tropiska områden.

Känsligheten är vanligen något lägre än för riktade PCR-undersökningar, varför metagenomik kompletterar och inte ersätter annan diagnostik.

Rekommenderade provmaterial är luftvägssekret, plasma och cerebrospinalvätska. Även serumprov och vävnadsbiopsier kan analyseras. Ofta kan det vara aktuellt att beställa metagenomisk sekvensering av prov som redan finns på laboratoriet.
Remiss:

Ange kontakt med jourhavande virolog på Kliniska uppgifter.

- Elektronisk i TakeCare och Labportalen

- Pappersremiss: Klinisk mikrobiologi.
Beställ under Annan undersökning/övrigt och ange Metagenomisk sekvensering samt provmaterial.
Provtagning:

Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering

Använd Sterilt provrör
- Bronkälveolärt lavage (BAL), 1 mL
- Cerebrospinlavätska (Csv), 1 mL
- Trakelasekret (Trak)
- Vävnad (kontakta jourhavande virolog för instruktioner)

Använd Trakealsugset och sugkateter
- Nasofarynxaspirat (Nf asp)

Använd TRANSWAB blå
- Nasofarynxsekret (Nf)

Använd EDTA-rör lila kork
- Blod (plasma)
Förvaring / transport:

Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium.

Sterilt provrör, Transwab

  • Förvaras kylt

EDTA-rör

Ocentrifugerat prov:

  • Kylt: max 1 dygn
  • Transporteras om möjligt kylt

Centrifugerat prov:

  • Centrifugera EDTA-röret och häll av plasman till ett avhällningsrör utan tillsats. Ange på röret att det innehåller plasma.
  • Rumstemperatur: max 1 dygn
  • Kylt: max 5 dygn, transportera provet kylt

Redan fryst prov från annat laboratorium:

  • Behåll provet fryst

Biospi/vävnadsprov:

  • Kontakta alltid jourhavande virolog i god tid före provtagningen för instruktioner. 

Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner alternativt fryst om det gäller redan befintligt fryst prov. 


Prov som skickas med post
Svarsrutiner:

Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet

- Mikrobiologisk metagenomisk sekvensering: Svar lämnas normalt inom 10-14 dagar
Ackreditering:

För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster​​​​.​​​