Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
  • 16S DNA sekvensering bakterier
  • DNA svamp, sekvensering
  • Tropheryma whipplei
  • Whipples sjukdom
  • Sekvensering, bakterier och svamp
Indikationer / kompletterande analyser:
Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-517 719 99.

Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei
Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.

Prov kan tas vid negativ odling eller från normalt sterila provlokaler. Riklig förekomst av normalflora stör analysen. Blod analyseras inte.

Undantagsvis kan material från icke sterila provlokaler även analyseras. Kontakta laboratoriet vid frågor.

Misstanke om invasiv/djup svampinfektion
Beställ: Svamp-DNA, sekvensering (ITS) -BAL,-Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.
Remiss:
Elektronisk beställning i TakeCare.

​Pappersremiss Klinisk Mikrobiologi kan användas. ​Beställ analysen på Annan undersökning, ange även provmaterial. Märk provet med etiketten E2.
Provtagning:
Provmängder varierar beroende på frågeställning/analys.
 Se bild Sterilt provrör med provmängd

Bakterie-DNA, sekvensering (16S)   
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- cerebrospinalvätska, 0,5 mL
- pleura, 0,5 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Svamp-DNA, sekvensering (ITS)
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- bronkoalveolärt lavage (BAL), 2-3 mL
- cerebrospinalvätska, 2 mL 
- pleura, 2 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Bakterie och svamp-DNA, sekvensering 16S, ITS
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- cerebrospinalvätska, 2  mL
- pleura, 2 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial
Förvaring / transport:

Hållbarhet från provtagning till ankomst på analyserande laboratorium.

Kortare transporttid än 48 timmar​:
  • Förvara provet kylt​
Längre transporttid än 48 timmar:​​
  • Frys provet vid -20◦C​
  • ​​Förvaras och skickas fryst​​
Skicka provet snarast till laboratoriet med beställarens ordinarie transportrutiner. ​
Svarsrutiner:
Svarstider beräknas från provets ankomst till laboratoriet.

Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:
För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se länk Information om ackrediterade tjänster​​​​.​​​
Kommentar:
​Svamp-DNA, sekvensering (ITS): ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras.