Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
  • 16S DNA sekvensering bakterier
  • DNA svamp, sekvensering
  • Tropheryma whipplei
  • Whipples sjukdom
Indikationer / kompletterande analyser:
Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-517 719 99.

Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei
Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -vävnad -övrigt. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.
Prov kan tas vid negativ odling eller från normalt sterila provlokaler. Riklig förekomst av normalflora stör analysen.
 
Misstanke om invassiv/djup svampinfektion
Beställ: DNA svamp, sekvensering -övrigt, ange typ av prov på Lokalisation.
Remiss:
Klinisk mikrobiologi
Provtagning:
Bakterie-DNA, sekvensering (16S)
Ta företrädesvis prov från normalt sterila provlokaler. Blod analyseras inte. Undantagsvis kan material från icke sterila lokaler även analyseras. Kontakta laboratoriet vid frågor.

Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- cerebrospinalvätska,0,5 mL
- vävnad, biopsin läggs i röret utan tillsats
- övrigt, ta provmaterial från normalt sterila provlokaler
 
DNA svamp, sekvensering
Sterilt provrör/burk
- bronkoalveolärt lavage (BAL), 2-3 mL Provtagning BAL
- cerebrospinalvätska, 2 mL Provtagning Csv
- punktat, 3-5 mL
- vävnad, sätt till fysiologisk koksaltlösning så det täcker biopsin. blod, EDTA lila propp
Förvaring / transport:
Förvara provet kylt.
Skicka provet enligt lokala ordinarie rutiner.

Provet bör nå laboratoriet inom 48 timmar. Om längre transporttid frys provet vid -20C.
Svarsrutiner:
Bakterie-DNA, sekvensering (16S), DNA svamp, sekvensering: Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:
För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se utdrag från Ackrediteringens omfattning. Förteckningen finns på laboratoriets kliniksida.
Kommentar:
​DNA svamp, sekvensering: ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras istället för 18S, som var den tidigare målregionen.