Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
  • 16S DNA sekvensering bakterier
  • DNA svamp, sekvensering
  • Tropheryma whipplei
  • Whipples sjukdom
Indikationer / kompletterande analyser:
Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-517 719 99.

Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei
Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.

Prov kan tas vid negativ odling eller från normalt sterila provlokaler. Riklig förekomst av normalflora stör analysen. Blod analyseras inte.

Undantagsvis kan material från icke sterila provlokaler även analyseras. Kontakta laboratoriet vid frågor.

Misstanke om invasiv/djup svampinfektion
Beställ: Svamp-DNA, sekvensering (ITS) -BAL,-Csv, -Pleura, -Vävnad, -Övr. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.
Remiss:
Elektronisk beställning i TakeCare.

​Pappersremiss Klinisk Mikrobiologi kan användas. ​Beställ analysen på Annan undersökning, ange även provmaterial. Märk provet med etiketten E2.
Provtagning:
Provmängder varierar beroende på frågeställning/analys.
 Se bild Sterilt provrör med provmängd

Bakterie-DNA, sekvensering (16S)   
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- cerebrospinalvätska, 0,5 mL
- pleura, 0,5 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Svamp-DNA, sekvensering (ITS)
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- bronkoalveolärt lavage (BAL), 2-3 mL
- cerebrospinalvätska, 2 mL 
- pleura, 2 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Bakterie och svamp-DNA, sekvensering 16S, ITS
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- cerebrospinalvätska, 2  mL
- pleura, 2 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial
Förvaring / transport:
Förvara provet kylt.
Skicka provet enligt lokala ordinarie rutiner.

Provet bör nå laboratoriet inom 48 timmar. Om längre transporttid frys provet vid -20◦C.
Svarsrutiner:
Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:
För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se utdrag från Ackrediteringens omfattning. Förteckningen finns på laboratoriets kliniksida.
Kommentar:
​Svamp-DNA, sekvensering (ITS): ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras.