Bakterie- och svamp-DNA, sekvensering

Klinisk mikrobiologi

Alternativa sökord:
  • 16S DNA sekvensering bakterier
  • DNA svamp, sekvensering
  • Tropheryma whipplei
  • Whipples sjukdom
Indikationer / kompletterande analyser:
Kontakta laboratoriet vid frågor, telefon 08-517 719 99.

Misstanke om bakterieorsakad infektion inklusive Tropheryma whipplei
Beställ: Bakterie-DNA, sekvensering (16S) -Csv, -vävnad -övrigt. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.

Bronkoalveolärt lavage (BAL)
I normalfallet rekommenderas inte provtagning av BAL för ​Bakterie-DNA, sekvensering (16S) trots att det är beställningsbart i TakeCare.
BAL innehåller oftast en betydande mängd normalflora som försvårar bedömningen av analysen. Observera att pneumokocker inte kan särskiljas från alfastreptokocker i luftvägsfloran. Om provet inte är taget under bronkoskopisk vägledning har 16S-analysen väldigt begränsat diagnostiskt värde.

Prov kan tas vid negativ odling eller från normalt sterila provlokaler. Riklig förekomst av normalflora stör analysen. Blod analyseras inte.

Undantagsvis kan material från icke sterila provlokaler även analyseras. Kontakta laboratoriet vid frågor.

Misstanke om invasiv/djup svampinfektion
Beställ: Svamp-DNA, sekvensering (ITS) -BAL,-Csv, -vävnad& -övrigt. Vid övrigt provmaterial, ange typ av prov på Lokalisation.
Remiss:
Klinisk mikrobiologi
Provtagning:
Provmängder varierar beroende på frågeställning/analys. För provmängd se bild Sterilt provrör

Bakterie-DNA, sekvensering (16S)   
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- bronkoalveolärt lavage (BAL) rekommenderas inte
- cerebrospinalvätska, 0,5 mL
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Svamp-DNA, sekvensering (ITS)
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- bronkoalveolärt lavage (BAL), 2-3 mL
- cerebrospinalvätska, 2 mL   
- vävnad, biopsi
- övrigt provmaterial

Bakterie och svamp-DNA, sekvensering 16S, ITS
Använd Sterilt provrör/burk, utan tillsats
- bronkoalveolärt lavage (BAL) rekommenderas inte för 16S
- cerebrospinalvätska, 2  mL
- vävnad, biopsin
- övrigt provmaterial
Förvaring / transport:
Förvara provet kylt.
Skicka provet enligt lokala ordinarie rutiner.

Provet bör nå laboratoriet inom 48 timmar. Om längre transporttid frys provet vid -20◦C.
Svarsrutiner:
Svar lämnas inom 1 vecka. Undantaget är vid storhelger då flera röda dagar sammanfaller.
Ackreditering:
För information om vilka analyser och provmaterial som omfattas, se utdrag från Ackrediteringens omfattning. Förteckningen finns på laboratoriets kliniksida.
Kommentar:
​DNA svamp, sekvensering: ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer) sekvenseras.