Examensarbeten inom biomedicinsk laboratoriemedicinsk vetenskap

Titel:

Long-read-sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi för HLA-typning; metodverifiering

Period:

Vårtermin 2027

Placering:

Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM), Huddinge F79

Handledare:

Ahmed Gaballa, PhD

Beskrivning av projektet

Projektet omfattar verifiering av en ny metod för HLA-typning baserad på long-read-sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi.
Efter en grundlig introduktion och upplärning kommer studenten att genomföra de laborativa momenten i NGS-arbetsflödet. Dessa omfattar PCR-amplifiering, biblioteksberedning (library preparation) och sekvensering.
Studenten kommer även att lära sig att analysera och tolka sekvenseringsdata med dedikerad analysmjukvara.
Resultaten från Oxford Nanopore-metoden kommer att jämföras med tidigare resultat från etablerade HLA-typningsmetod.
Projektet ger studenten praktisk erfarenhet av molekylär HLA-typning, NGS, bioinformatisk resultatanalys samt grundläggande principer för verifiering av en laboratoriemetod.

OBS! Det är viktigt med god förståelse för engelska, eftersom tillverkarens instruktioner, protokoll och analysmjukvara huvudsakligen är på engelska.

Kontaktuppgifter 

E-post: Ahmed Gaballa

Sista ansökningsdatum:

2026-11-01

Till ansökan ska CV och personligt brev bifogas.

Titel:

Validering av ny upparbetningsmetod för analys av dihydrotestosteron i serum med vätskekromatografi-tandem masspektrometri (LC-MS/MS)

Period (Höst- eller vårtermin):

Vår 2027

Placering:

Klinisk kemi

Handledare:

Anna Lindahl, sjukhuskemist

Beskrivning av projektet

Målet med detta projekt är att validera en ny upparbetningsmetod för analys av steroidhormonet dihydrotestosteron i serum med LC-MS/MS. Nivån av dihydrotestosteron i serum är bl.a. av intresse vid utredning av oklar könstillhörighet hos barn.

Provupparbetningen görs med automatiserad vätske-vätskeextraktion (supported liquid extraction, SLE) i 96-hålsformat. Denna typ av upparbetning sparar resurser och förväntas ge förbättrad riktighet jämfört med nuvarande rutinmetod.

Material och metoder

Metoden är utvecklad in-house på Kromatografi, Klinisk kemi. Kvantifiering av dihydrotestosteron i serum utförs med isotopspädning och extern kalibrering. Överblivet serum från rutinanalyser används för att utvärdera metoden med avseende på interferenser, matriseffekter, riktighet, precision och linjäritet.

Etiska aspekter

Projektet genomförs inom ramen för sektion Kromatografis kvalitetssäkrings- och kvalitetsutvecklingsarbete. Studenten har inte tillgång till patientuppgifter och kommer enbart att hantera LID-nummer. Därför behövs inget etiskt tillstånd.

Kontaktuppgifter 

E-post: Anna Lindahl

Sista ansökningsdatum:

2026-11-15

Till ansökan ska CV och personligt brev bifogas.