Examensarbeten inom biomedicinsk laboratoriemedicinsk vetenskap
Här finns examensarbeten för dig som studerar på Karolinska Institutet och ska göra ditt examensarbete inom biomedicinsk laboratorievetenskap.
Våra verksamheter
Klinisk immunologi och transfusionsmedicin
Long-read-sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi för HLA-typning; metodverifiering
Titel:
Long-read-sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi för HLA-typning; metodverifiering
Period:
Vårtermin 2027
Placering:
Klinisk immunologi och transfusionsmedicin (KITM), Huddinge F79
Handledare:
Ahmed Gaballa, PhD
Beskrivning av projektet
Projektet omfattar verifiering av en ny metod för HLA-typning baserad på long-read-sekvensering med Oxford Nanopore-teknologi.
Efter en grundlig introduktion och upplärning kommer studenten att genomföra de laborativa momenten i NGS-arbetsflödet. Dessa omfattar PCR-amplifiering, biblioteksberedning (library preparation) och sekvensering.
Studenten kommer även att lära sig att analysera och tolka sekvenseringsdata med dedikerad analysmjukvara.
Resultaten från Oxford Nanopore-metoden kommer att jämföras med tidigare resultat från etablerade HLA-typningsmetod.
Projektet ger studenten praktisk erfarenhet av molekylär HLA-typning, NGS, bioinformatisk resultatanalys samt grundläggande principer för verifiering av en laboratoriemetod.
OBS! Det är viktigt med god förståelse för engelska, eftersom tillverkarens instruktioner, protokoll och analysmjukvara huvudsakligen är på engelska.
Kontaktuppgifter
E-post: Ahmed Gaballa
Sista ansökningsdatum:
2026-11-01
Till ansökan ska CV och personligt brev bifogas.
Klinisk mikrobiologi
Validering av referensmetoder för luftvägsvirus
Titel:
Validering av referensmetoder för luftvägsvirus
Period:
vårtermin 2027
Placering:
Klinisk mikrobiologi, Virus, Solna
Handledare:
Johan Brynedal Öckinger, ev Karina Hentrich
Beskrivning av projektet
Uppdatering och validering av realtids-PCR-metoder för att detektera vanliga luftvägsvirus som coronavirus, parainfluensavirus. För vissa virus krävs endast validering av metod på nytt PCR-instrument, men för vissa virus ska helt nya assays utvecklas och valideras
Kontaktuppgifter
E-post: Johan Brynedal Öckinger
Sista ansökningsdatum:
2026-12-01
Till ansökan ska CV och personligt brev bifogas.
) Testning av en ny lyseringsmetod inför svamp PCR analys
Titel:
Testning av en ny lyseringsmetod inför svamp PCR analys
Period:
Vårtermin 2027
Placering:
Klinisk mikrobiologi, virus Huddinge
Handledare:
Lynda Eneh
Beskrivning av projektet
För att förbereda biopsi inför svamp PCR ska biopsi lyseras. Nuvarande metod tar två dygn då prov behöver kokas övernatt. Konsekvensen blir att svarstid påverkas. Det finns en biopsi hanteringsmetod som används för andra in-house analyser. Metoden tar endast 5 minuter och provet kunde då analyseras och svaras ut på samma dag. Kan den funkar även för svamp?
Kontaktuppgifter
E-post: Lynda Eneh
Sista ansökningsdatum:
2026-12-01
Till ansökan ska CV och personligt brev bifogas.
Fler projekt kan tillkomma och projekten tillsätts efter efterhand.