Bioinformatik och grundforskning möter klinik under Jespers specialiseringstjänstgöring

Nyhet 2024-12-02

Hej Jesper! Du gör just nu en så kallad forskar-ST, vad innebär det?

– Jag gör just nu min specialiseringstjänstgöring (ST) inom neurologi samtidigt som jag är doktorand på halvtid i Sten Linnarssons forskargrupp med målet att disputera om cirka tre år. Förutom att min forskningstid är finansierad innebär det också att forskningstiden är garanterad vilket betyder mycket i projektet jag arbetar med.

Hur ser din kliniska vardag ut?

– En ST inom neurologi på Karolinska är ganska akutinriktad och ger stor variation i den kliniska vardagen. En del är jour där man bland annat handlägger akuta neurologiska tillstånd som till exempel stroke eller epilepsi. Som ST är man även på mottagning och vårdavdelning där patienter är under utredning av neurologiska symtom eller har etablerade neurologiska sjukdomar som exempelvis epilepsi, stroke, ryggmärgsskador, neuromuskulära, motoriska och neuroinflammatoriska sjukdomar.

Har du alltid varit forskningsintresserad?

– Under gymnasiet gjorde jag ett projekt inom utvecklingsbiologi på ett laboratorium vid Lunds universitet, vilket jag tyckte var väldigt spännande. Efter gymnasiet gick jag på Karolinska Institutets läkarprogram med forskningsintroduktion. Termin 8 gjorde jag ett projektarbete inom neurobiologi i San Diego, något som verkligen fångade mitt intresse.

Din forskning handlar om glioblastom. Vad är det och vad fokuserar ni på?

– Glioblastom är den mest aggressiva och vanligaste elakartade hjärntumören hos vuxna. I nuläget finns ingen botande behandling. Det går att förbättra symtombilden och förlänga överlevnaden med operation, strålning, kortison och cellgifter men medianöverlevnaden ligger trots det bara på 1-1,5 år ungefär.

– Vi har ett nära samarbete med neurokirurgiska kliniken, där framför allt min bihandledare Oscar Persson, biträdande överläkare vid neurokirurgen, har en central roll. De är oerhört behjälpliga med insamling av vävnad. Vi undersöker tumörens komposition molekylärt på cellnivå och har även ett mycket intressant projekt där vi studerar den ”friska” vävnaden runt tumörbulken eftersom det är den som orsakar återfallen, trots strålning och cellgifter.

Ni analyserar vävnaden med hjälp av något som kallas single-cell RNA-sekvensering, varför föll valet på den metoden?

– Det är en relativt ny teknik som framför allt har applicerats prekliniskt men det finns även en stor potential i kliniken. Fördelen är att vi kan analysera genuttrycket i varje enskild cell och på så sätt få fram proportionerna av de olika celltyperna som finns i vävnadsprovet. Det går också att studera skillnader inom en celltyp, till exempel vad som skiljer olika tumörceller åt och hur cellerna har utvecklats över tid.

– Det innebär också att metoden är känslig för identifiering av ovanliga celltyper och att vi kan hitta och kartlägga de lågfrekventa tumörcellernas molekylära identitet och deras spridningsmönster i den friska vävnaden. Vi kan också studera andra icke-maligna celler i mer detalj som till exempel immunceller och gliaceller.

Vad kan studien betyda för patienter med glioblastom?

– En bättre förståelse av vävnaden runt tumören kan komma att få betydelse för den kirurgiska marginalen som används vid operation och även strategier vid postoperativ strålning. Dessutom kan tumörcellernas identitet i omgivande vävnad vara en nyckel till att identifiera måltavlor för nya terapier.

Hur jobbar ni med bioinformatik?

– Bioinformatik är en central del i Stens forskargrupp.  Vi analyserar minst 10 000 celler från varje vävnadsprov, där varje cell har 20 000 olika proteinkodande gener som kan uttryckas i olika grad. Det genererar väldigt stora datamängder. Med våra egna datorer kopplar vi upp oss och utför analyser genom en mycket kraftfull dator med enorma lagringsmöjligheter.  

– Jag tror att det finns en stor fördel att som läkare kunna bioinformatik och förstå möjligheter och begränsningar med det. Jag introducerades till bioinformatik genom kurser men har sedan framför allt lärt mig av min handledare och en postdoc från vår grupp. Nu kan jag göra en hel del analyser själv vilket är väldigt kul och värdefullt.

Vet du vad ditt nästa steg blir efter att du har disputerat?

– Jag hoppas kunna fortsätta tillämpa single-cell sekvensering och bioinformatik i projekt som ligger nära kliniken, och en postdoc kommer jag nog också göra.  

Jesper Kjaer Jacobsen

Ålder: 34 år
Anställd som: ST-läkare vid ME Neurologi
Akademisk titel: Doktorand
Grundutbildning: Läkarexamen, Karolinska Institutet, 2014