Infektioner diagnostiseras genom att påvisa mikroorganismer, mikrobiella antigen, toxiner eller nukleinsyra i patientprov samt specifikt antikroppssvar i serum.
Provmaterialet ympas på olika agarplattor och/eller buljongrör. Bakterier och svampar växer till och bildar på plattorna synliga kolonier efter ett till flera dygns inkubering i termostat. Odlingarna bedöms och typning och resistensbestämning utförs där detta bedöms som relevant. Många, även potentiellt patogena bakterier och svampar, finns i vår normalflora. Ett fynd måste därför alltid tolkas tillsammans med anamnestiska uppgifter, kliniska symtom och andra laboratoriedata.
Provmaterialet ympas på olika typer av celler. Cellkulturerna avläses under ljusmikroskop med regelbundna intervall under 1-4 veckor. Om virus finns i provet förändras cellernas utseende, så kallad cytopatogen effekt, CPE. Typning av virus görs med immunologisk eller molekylärbiologisk teknik. Isolering av virusstammar möjliggör resistensbestämningar och epidemiologiska utredningar. Prov tas så tidigt som möjligt under sjukdomens akuta fas eftersom viruskoncentrationen då är högst. Fynd av virus korrelerar oftast till symtom och sjukdom. Ibland kan dock virus påvisas under lång tid efter den akuta infektionen.
Polymerase chain reaction är en molekylärbiologisk teknik. Små mängder av DNA eller RNA kan detekteras från bakterier, svamp, parasiter eller virus. PCR möjliggör detektion av mikroorganismer som inte kan odlas eller som växer långsamt, till exempel Mycoplasma pneumoniae. PCR kan även påvisa smittämnen i låga koncentrationer där traditionella metoder har för låg känslighet, till exempel vid herpes simplex-encefalit.
Diagnostiken baseras på påvisande av signifikant titerstegring av IgG- och /eller IgM-antikroppar. Bestämning av immunglobulinklasser ger möjlighet att bedöma antikropparnas aktualitet och samband med symtom och sjukdomsbild.
- IgM-antikroppar bildas först vid en infektion. I de flesta fall kvarstår dessa endast under det akuta skedet.
- IgG-antikroppar, som kvantitativt sett är den dominerande Ig-klassen i serum, kommer något senare än IgM-antikropparna. Dessa kvarstår under mycket lång tid, oftast hela livet efter en infektion och är därför lämpliga som immunitetsmarkörer.
- IgA-antikroppar bildas tidigt under infektionen och kvarstår 1-3 år. Specifika IgA-antikroppar bildas i sekret och används ibland för diagnostik av virala och bakteriella infektioner.
Metoder, antikroppsutveckling och intratekal antikroppsbestämning
EIA, Enzyme Immuno Assay, IF, immunofluorescens, eller IP, immunoperoxidas, används för att påvisa bakterie- och virusantigen i olika sekret och kroppsvätskor. Till exempel kan bakterieantigen påvisas i urin och virusantigen i feces eller i infekterade celler från luftvägar och blåsor. För virus bör prov tas så tidigt som möjligt under sjukdomens akuta fas eftersom viruskoncentrationen då är högst. För bakterier bör prov för undersökningen tas några dagar efter symtomdebut.
Ljusmikroskopi används för att påvisa parasiter och svamp men även för bakterier i till exempel cerebrospinalvätska och ledpunktat. Elektronmikroskopi, EM, är en specialanalys och utförs på Smittskyddsinstitutetkan och kan användas för att påvisa virus i fecesprov vid gastroenteriter.
Vid påvisning av Clostridium difficile-toxin i feces ympas feces på cellkultur som avläses efter ett dygn. Om toxin finns i provet förändras cellernas utseende, så kallad cytopatogen effekt. Specificiteten verifieras med antitoxin.