HLA-typning används som ett differentialdiagnostiskt och prognostiskt verktyg vid vissa sjukdomar.Diagnostisk HLA-typning utförs t.ex vid celiaki, sarcoidos och vid vissa cancerformer som malignt melanom och ovarialcancer. En annan vanlig indikation är misstanke på Bechterews sjukdom då förekomst av HLA-B27 analyseras.