Encephalit ger delvis likartade symptom som meningit med feber, huvudvärk, kräkning.
I tillägg ses tecken på störd hjärnfunktion såsom beteendeförändring, förvirring, påverkat tal, kramper eller nedsatt kraft eller känsel. Risken för kvarstående neurologiska restsymptom beror delvis av orsak. Vid den allvarliga, potentiellt livshotande herpesvirus-encephaliten som typiskt angriper hjärnans tinninglob är risken för kvarstående neurologiska problem cirka 50%. Herpesblåsor på huden kan, men behöver inte förekomma vid herpesencephalit.