Specifik antiviral behandling saknas fortfarande mot de flesta virus. Vid den allvarliga herpesvirus-encephaliten finns dock effektiv behandling, vilken bör inledas så tidigt som möjligt och ges intravenöst, det vill säga direkt till blodbanan.
Vid svår allmänpåverkan eller kramper kan vård på intensivvårdsavdelning bli aktuell. Även andra virus kan i vissa fall ge allvarlig sjukdomsbild och mot några av dessa virus finns antiviral medicin att tillgå. Mot TBE-virus finns effektivt vaccin.
Vid svår sjukdom och neurologiska restsymptom efterföljs den akuta vården av rehabiliterande insatser, vilka kan innefatta sjukgymnastik, arbetsterapi, språkträning samt neuropsykologisk och pedagogisk bedömning.