Behandlingen är inriktad på att förhindra de epileptiska anfallen. Målet är krampfrihet utan bieffekter. Behandling av epilepsi sker i första hand med läkemedel.
Man strävar alltid efter att klara behandlingen med ett enda läkemedel. I de fall där det inte går provar man med kombinationer av flera antiepileptiska läkemedel.
De läkemedel som används vid behandlingen kallas för antiepileptika. De fungerar så att de bromsar hjärnans retbarhet. Effekten är alltså att de förhindrar spridning av den obalans i hjärnans signalsystem som orsakar det epileptiska anfallet. Den vanligaste biverkan av dessa läkemedel är trötthet, som emellertid oftast är övergående. Varje läkemedel har kända och specifika biverkningar. Dessa effekter berättar den behandlande läkaren om i samband med behandlingen.
För att undvika biverkningar börjar man alltid behandlingen försiktigt. Under behandlingens gång görs hela tiden medicinska kontroller för att se hur den fungerar. När behandlingen har kommit så långt att man kan se att den har verkan, får patienten komma på regelbundna kontroller.
Man måste fortsätta med medicin även efter det att man blivit anfallsfri, ofta 2-3 år. Sedan sker en långsam avtrappning till dess man helt kan sluta med medicinering.
Om läkemedlen ej räcker för att barnet skall vara anfallsfritt utreds barnet av ett specialteam som finns på regionsjukhusen, bland annat Astrid Lindgrens barnsjukhus. Man räknar med att cirka ¼ av barnen har en epilepsisjukdom som inte kan ges anfallsfrihet med läkemedel.